Hideaki Anno

Shinji Ikari is nog steeds stuurloos nadat hij zijn wil om te leven heeft verloren. De plaats waar hij aankomt leert hem evenwel wat het betekent om hoopvol te zijn. Tenslotte wordt het Instrumentaliteitsproject in gang gezet en Wille maakt een laatste slopende poging om de finale inslag te voorkomen.

Het is veertien jaar na de 'Derde Impact'. De Angels vallen nog steeds de mensheid aan. Shinji Ikari is gered van het Evangelion Unit-01 en merkt dat de wereld niet ten goede is veranderd. Alles ligt in puin, zijn voormalige bondgenoten van NERV zijn hem vijandig en Rei Ayanami, het meisje waar Shinji alles voor heeft geriskeerd, is nergens te vinden. Terwijl hij probeert zich aan te passen aan de nieuwe wereld ontmoet Shinji de raadselachtige Kaworu Nagisa. Samen met hem gaan ze op zoek naar Rei en naar de verschrikkelijke waarheid achter de Angels, NERV en de Evangelions.

De film gaat verder waar Evangelion 1.0 stopte: de paramilitaire organisatie NERV verdedigt de wereld tegen de terugkeer van de Angels, maar de voortdurende oorlog begint zijn tol te heffen. Shinji Ikari's relatief plezierige leventje krijgt een wending als een nieuwe groep Evangelion pilots, waarbij de roodharige Asuka Langley Shikinami, hem en Rei Ayanami komen bijstaan. Misato Katsuragi heeft ondertussen te kampen met oude vlam Ryoji Kaji, die aan NERV is toegevoegd met een speciale missie. Vanwege hun verschillende agenda ontstaan ook spanningen tussen NERV Commander Gendo Ikari en de mysterieuze organisatie SEELE.

Het plot volgt voor een groot deel de eerste zes afleveringen van de originele Evangelion serie. Shinji Ikari komt aan in Tokyo-3. Hij komt midden in een gevecht tussen de U.N. Army en de Fourth Angel (Thrid in de originele serie). Zijn vader Gendo, Surpreme Commander van NERV, wil dat hij Evangelion Unit-01 gaat besturen omdat de originele piloot te erg gewond is na zijn gevecht.